忌妒说
此说法为南条范夫（作家，昭和31年以《灯台鬼》一文获得直木赏，代表作是《织田信长》）提出明智光秀到底为什么要谋反，一直众说纷云。一般的说法有的说是光秀的怨恨，有的说是光秀的野心。关于怨恨说有太多的材料，如光秀的母亲送到波多野家当人质，因而放心到安土城投降的波多野兄弟被信长处死，导致光秀的母亲被害；还有光秀正在劝说长宗我部投降的工作正有进展，信长却命令强攻四国使得光秀的面子挂不住；接待家康的工作没有犯什么大错，却为了小事被信长严厉责斥等等。
这些插曲很多是后世人加上去的，信长的作风本来就人言殊异，但大部分的人应该不会怨恨信长。光秀也许对信长存有一点怨恨这个我们不知道，但光秀对信长应该也有感受大恩的恩义心在，从500石身分的侍大将成为强大的织田军团中首屈一指的幕僚长，武士的荣誉莫过于此，硬要说反叛的理由是因为怨恨实在太过牵强。
至于野心说，战国时代的武将谁都梦想成为天下人，明智光秀当然也不例外，但是必须要先周详考虑暗杀信长以后的情势变化，才有可能在那之后取代信长的统一天下之事业。但是从光秀后来的作为来看，完全没有作过事前准备的迹象，光秀是个非常聪明的人，应该很清楚自己没有取代信长成为天下人的器量，要取得天下必要的收揽人心的技术更非光秀所擅长的，信长的令人畏惧，秀吉的让人亲近，家康的令人尊敬这些魅力光秀都没有，如何成为天下人？那么为什么素以头脑清晰著称的光秀会一时情绪冲昏了头？除了对秀吉的竞争心外，实在找不到其他的理由。
信长的家臣团们是非常竞争激烈的，信长相信，故意使能力相近的家臣在彼此竞争的压力下，可以发挥出十二分的能力。特别是光秀和秀吉又是在相同身份之间的佼佼者，更是为了彼此的排名顺位激烈地竞争，最初是光秀占了先机，光秀学识渊博，熟知皇室与朝廷的事务，在协调信长和足利义昭之间有良好的表现，最后更完成协助信长护送义昭上洛,光秀的政治能力相当不错，也努力充实军事方面的能力，也曾很自豪地说自己是铁炮方面的专家，与农民出身的步兵将领在格调上完全不同。
光秀的能力受到信长最高的评价，性格上也和信长相近，而另一方的秀吉则如小丑般，在喝斥他的同时，他会不断地磕头到磕出包来，实在是很难让人讨厌的性格。此时的光秀深为“如果在这里被秀吉追过去,以后就再也追赶不上了”的想法所苦。在这个时期的秀吉以备中高松城难攻不下为理由，请求信长亲自出阵，但是其实秀吉一个人就可以解决的事情，却特地邀请信长到前线，无非是秀吉想要为自己的表现博得主君的赞赏。聪明的光秀当然深知此点却苦无对策，因此本能寺之变实际上是光秀对秀吉的反抗。
此外根据考证，本能寺不是一般的寺庙，而是在寺庙的周围挖了深壕,是城寨的一种。而且也是在京都重要的铁炮和火药转运站，本能寺的东西向长约140米、南北向宽约270米，此外本能寺作为城寨，应该在最里面的房间会有直通外部的秘道。
（按：根据考证，当时的本能寺是织田军堆放火药的军械库，因此放火导致了火药的爆炸，使得信长的遗体烟消云散）
篡夺皇位说
阻止信长篡夺皇位说
这个说法是桐野作人（历史作家）所提出。
光秀讨伐信长的最大动机，其实是阻止信长篡夺皇位的野心，与朝廷内的“反信长神圣同盟”订立密约的光秀，其实是真真正正的勤王主义者。解释如下:
天正7年（1579）7月，光秀在平定丹波的同时，也归还被土豪强占的朝廷御料所（直属天皇的耕地）-山国庄，喜出望外的朝廷派出敕使，对当时没有官位的人臣光秀多所褒勉并赐予奖励，对此般殊遇，光秀铭记在心。当时的事在“威光寺文书”中有如下的记载，“信长上洛后，礼祟天皇，修复禁内，并上献扶持米”以奖励信长勤王的行为。“率土之滨，莫非王土”光秀等于是这样的宣告，这个文件隐约地透露出光秀否定信长的天下布武政策，这是相当危险的讯号，因为信长根本不认为“天下”是属于居于上位的朝廷的。
怨恨说、野心说都是揣测之词，因为信长和光秀的关系一直到大约事变以前，都没有变坏的迹象。在天正8年放逐佐久间信盛父子的弹劾书中，信长曾写下“对天下表彰光秀的声誉”，在这个时候，光秀是信长最欣赏的武将一事是无庸置疑的。另一方面，光秀也曾说出“身为落魄武将的光秀被信长主公破格礼遇，而且还与其他重臣并列，对主君大恩大德，必不惜粉身碎骨地工作”的言词。
信长真正显露出他压迫朝廷的政策大约是在天正7年，将皇太子诚仁亲王父子搬到二条御所的时候，信长的目的无疑是想要成立第二朝廷，而且在这当口，信长收了亲王的第四个儿子——五宫为养子，也就是如果五宫即位的话，信长将成为天皇的养父——太上皇、实际统治天下的君主（按：日本的政治很奇怪，自很久以前，天皇都是没有实权的，真正朝廷的权力是掌握在太上皇的手中，所以很多代的天皇即位以后，梦想的都是哪天太上皇挂了，自己可以让位给皇太子，成为太上皇）。
信长的最终目标是要成为统治天下的君主，在天皇之上，天下真正的拥有者，这是明明白白要篡夺皇位,断绝天皇的血脉。信长将诚仁亲王和五宫当成人质，来实现篡夺皇位的计划，尚须逼迫正亲町天皇退位才能达成，事实上，信长曾两度尝试逼迫天皇退位，遭到正亲町天皇拒绝。天正10年5月4日早上，朝廷以维持秩序的理由，邀请已经脱离官位的信长就任关白、太政大臣、征夷大将军三役的官位，然而信长大笑着拒绝了，并在那之后向朝廷要求讨伐毛利氏的号令。
但正亲町天皇的财政非常穷困，当年还是毛利元就乐捐献金，才能举办即位式，在毛利尽可能地援助天皇的情况下，信长考虑当时大概很难逼迫天皇退位，故要先攻伐毛利，断绝天皇的外援，再来逼天皇退位。
在朝廷内跟光秀共谋的人，有两个人曾显露出迹象，从三位的神祗大副吉田兼和（兼见）和前关兼和，他们在山崎之战的前一晚，天正10年（1582年）6月12日紧张地折断了笔，隔天当获知光秀败死之后非常显得失望。
正亲町天皇以“决心让位给诚仁亲仁”的理由，把信长骗来京都，同时以赐予明智光秀征夷大将军的条件促使光秀谋反。
